Enquanto filho segundo, o jovem Afonso, sem pretensões ao trono, decide viver na corte de sua tia D. Branca, em França, colocando-se ao serviço do primo Luis IX. Adquire o título de conde, pelo casamento com Matilde de Bolonha, e transforma-se num grande cavaleiro e num verdadeiro senhor feudal.

Em 1246, o reino português encontra-se em completa anarquia, obrigando a Santa Sé a intervir. O papa retira a governação a D. Sancho II e nomeia governador e defensor do reino o seu irmão, conde de Bolonha que recebe a coroa em 1248, após a morte do rei.

A vontade de D. Afonso III, o Bolonhês, é desde cedo, muito clara, no que respeita à expulsão dos infiéis do território, à reposição da ordem pública e social e à administração do reino.

Aplacados os conflitos, D. Afonso III investe na conquista do Algarve e com alguma facilidade expulsa os mouros do território. Mais difíceis seriam as batalhas políticas e diplomáticas travadas com seu primo, Afonso X de Castela, que só terminam em 1267 com a assinatura do Tratado de Badajoz, reconhecendo a D. Afonso III o domínio de todo o Algarve.
É a partir de 1268 que D. Afonso III se intitula Rei de Portugal e do Algarve.

Em termos de política interna, toma uma série de medidas que vão reforçar a autoridade régia e favorecer o caminho para a centralização do poder e a consolidação da monarquia feudal. Promulga em 1251, o primeiro decreto régio contra roubos e violências, protege a atividade mercantil e manda fazer inquirições por todo o reino. Em 1254, convoca as Cortes, chamando pela primeira vez os representantes dos concelhos, pois entende que as ordenações para serem recebidas por todos, também devem ser deliberadas por todos, os do Conselho: “faz tudo com conselho e nunca te arrependerás”.

É também um homem das artes que absorveu o que de melhor se fazia na corte de França, fazendo da sua corte um centro cultural de relevo, estimulando a produção da canção trovadoresca e fomentando os romances de cavalaria.

Nos últimos anos da sua vida, apesar de doente, resiste aos dissabores fomentados pelos seus bispos, tendo a virtude de partilhar a administração do reino com o seu sucessor e primogénito, o futuro rei D. Dinis.

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