Ao escrever o seu Tratado Teológico-Político, Spinoza afirma que o seu principal objetivo com esta obra é separar a Filosofia da Teologia. Até então, a Filosofia era serva ou escrava (ancilla) da Teologia, isto é, a razão e o exercício da mesma estiveram condicionados pelos dogmas das diferentes instituições religiosas. A Filosofia estava refém de um conhecimento revelado e desenvolvido dogmaticamente, tido como superior, ao qual a razão devia submeter-se incondicionalmente.

Spinoza esforça-se por libertar a Filosofia desta servidão e deste compromisso teológico. Luta por uma filosofia comprometida somente com a própria razão e com o bem comum do ser humano. Spinoza quer a autonomia da razão, quer a autonomia da Filosofia.