Ao escrever o seu Tratado Teológico-Político, Spinoza afirma que o seu principal objetivo com esta obra é separar a Filosofia da Teologia. Até então, a Filosofia era serva ou escrava (ancilla) da Teologia, isto é, a razão e o exercício da mesma estiveram condicionados pelos dogmas das diferentes instituições religiosas. A Filosofia estava refém de um conhecimento revelado e desenvolvido dogmaticamente, tido como superior, ao qual a razão devia submeter-se incondicionalmente.

Spinoza esforça-se por libertar a Filosofia desta servidão e deste compromisso teológico. Luta por uma filosofia comprometida somente com a própria razão e com o bem comum do ser humano. Spinoza quer a autonomia da razão, quer a autonomia da Filosofia.

Para isso é preciso delimitar o campo de atuação de cada uma, a filosofia ao serviço da verdade e da razão, a teologia ao serviço da fé e da obediência. Ambas são legítimas no seu próprio campo de atuação, ambas são válidas e necessárias.

Essa mesma tarefa – a da autonomia da Filosofia – continua hoje pertinente. A cada momento, a Filosofia vê-se sob a ameaça dominadora de uma teologia política ou de uma ideologia institucional ou não que a quer explorar a seu favor. A filosofia enquanto serva é sempre um instrumento de legitimação de interesses alheios a si própria. A filosofia deve debruçar-se para além de si mesma, aplicar o seu método aos diferentes âmbitos do real, mas sem nunca ceder a sua autonomia.

Spinoza encarnou esta luta em sua própria vida, recusando ofertas institucionais que ameaçavam a liberdade de filosofar.