Baruch Spinoza naît le 24 novembre 1632 dans une famille appartenant à la communauté juive portugaise^d d’Amsterdam, à l’époque « ville la plus belle et singulière d’Europe »^{p 2}. Il tient de son grand-père maternel^e son prénom « Baruch », Bento en portugais, qu’il latinise en Benedictus, « Benoît », et qui signifie « béni » en hébreu.

À cette époque, la communauté juive portugaise d’Amsterdam² est composée de Juifs expulsés ou réfugiés des villes ou pays alentour^f mais majoritairement de conversos, « nouveaux-chrétiens »^g convaincus mais suspectés, hésitants ou contraints — ces derniers étant appelés marranes⁴ (qui veut initialement dire « porcs »), c’est-à-dire des Juifs de la péninsule Ibérique convertis de force au christianisme, mais ayant pour la plupart secrètement maintenu une certaine pratique du judaïsme (crypto-judaïsme). Confrontés à la méfiance souvent féroce des autorités, particulièrement de l’Inquisition, et à un climat d’intolérance envers les convertis⁴, un certain nombre d’entre eux, volontaires ou forcés, ont quitté la péninsule Ibérique et sont revenus au judaïsme lorsque cela était possible, comme aux Provinces-Unies (actuels Pays-Bas) au xvii^e siècle, terre réputée pour sa plus grande tolérance.

La lignée paternelle de Spinoza est vraisemblablement d’origine espagnole^d, soit de la région connue en Castille-et-León comme Espinosa de los Monteros, soit de celle qu’on appelle Espinosa de Cerrato, plus au sud. Les Spinoza ont été expulsés de l’Espagne en 1492, après que Ferdinand d’Aragon et Isabelle de Castille eurent imposé aux musulmans et aux juifs de devenir chrétiens ou de quitter le royaume, en vertu du décret de l’Alhambra du 31 mars 1492, année cruciale. Les Spinoza décident de s’installer au Portugal, moyennant paiement exigé à l’arrivée par les autorités portugaises^4,h mais ils sont rapidement obligés de se convertir au catholicisme pour pouvoir rester dans le pays. En effet, après le mariage de Manuel I^er du Portugal avec Isabelle d’Aragon en 1497, le monarque ordonne lui aussi l’expulsion des juifs de son pays (« le baptême ou l’exil »). Néanmoins, afin de ne pas priver le Portugal de l’apport des Juifs qui occupaient des positions importantes dans la société (médecins, banquiers, commerçants, etc.), il se ravise et ordonne un vendredi des baptêmes forcés pour le dimanche suivant : à peu près cent vingt mille Juifs sont alors convertis au catholicisme en quelques jours, avec, à présent, interdiction d’émigrer⁴. Ce décret ne sera assoupli qu’en 1507, après le massacre de Lisbonneⁱ. Les Spinoza et leurs coreligionnaires ont pu vivre à peu près en paix^j dans le pays jusqu’à ce que l’Inquisition s’y implante véritablement sur ordre papal, environ quarante ans plus tard⁵.

Le grand-père de Baruch, Pedro, alias Isaac Rodrigues d’Espinoza, né en 1543, est originaire de Lisbonne et s’est installé à Vidigueira, la ville natale de son épouse⁶, Mor Alvares, avec laquelle il a eu trois enfants dont Miguel Michael, le futur père du philosophe. Sans doute accompagné de sa sœur Sara⁷ et de sa propre famille, Pedro Isaac, « effrayé par les arrestations inquisitoriales », quitte le Portugal en 1587 pour venir à Nantes^k et y rejoindre son frère Emanuel Abraham^l, le grand-oncle du futur Baruch, déjà réfugié^m (la présence d’Emanuel Abrahamⁿ y est attestée en 1593). Pedro Isaac n’y est pas resté, probablement parce que le judaïsme était officiellement interdit à Nantes et qu’il y régnait, là aussi, une certaine hostilité envers les marranes⁸ et des sentiments fréquemment contrastés voire agressifs envers les Portugais (ou les Juifs dits portugais)^o,9. Apparemment expulsé de Nantes avec sa famille et son frère Emanuel Abraham, en même temps que tous les autres Juifs de la ville, en 1615^p, Pedro Isaac gagne alors Rotterdam des Provinces-Unies dans l’actuelle Hollande méridionale, où vit déjà une partie de la diaspora juive portugaise. Il y décède en 1627^q. À l’époque, les Provinces Unies font partie d’un ensemble de lieux appelés « terres de liberté » voire « terres de judaïsme », c’est-à-dire des cités où le judaïsme est soit officieusement toléré donc restreint (comme à Anvers), soit franchement accepté et où les juifs sont reconnus comme tels ; ainsi, Amsterdam, Hambourg, Venise, Livourne ou une partie de l’Empire ottoman (Smyrne, Salonique) ¹⁰, où nombre de marranes et « nouveaux chrétiens »⁴, ces juifs contrariés, en profitent pour se convertir à leur religion d’origine.

Le père de Baruch, Miguel alias Michael, né à Vidigueira (Alentejo) au Portugal en 1588, est un marchand réputé dans l’import-export de fruits secs et d’huile d’olive, et un membre actif de la communauté (synagogue, œuvres de bienfaisance et écoles juives) qu’il aide à se consolider^r. La mère de Baruch, Ana Debora Marques, épousée en secondes noces, vient elle aussi d’une famille juive séfarade d’origine espagnole et portugaise¹¹ de Porto et Ponte de Lima^s, et meurt alors que Baruch Spinoza n’a pas six ans. À l’adolescence, il perd aussi son demi-frère aîné, Isaac, et un peu plus tard sa belle-mère Ester^t qui l’avait élevé. De sa fratrie nombreuse, Baruch ne gardera à l’âge adulte que sa sœur ainée Rebeca^u.

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